戊戌變法后，蔡元培認為只有教育才能救國，于是在政變發(fā)生后不到一個月，他便從北京回到故鄉(xiāng)紹興，走上了教育救國的道路。
1898年12月，蔡元培被聘請為紹郡中西學(xué)堂總理（即校長）主持校務(wù)。
中西學(xué)堂將古貢院的山會豫倉作為校舍。這里環(huán)境清幽：校舍前是一條清清的小河，河對面是蔥綠蒼翠、拔地而起的龍山，古龍山學(xué)院就在山的另一坡。學(xué)堂依學(xué)生程度分為三齋，略如后來的高小、初中、高中一年級。
蔡元培學(xué)識淵博，造詣嶄遠，上任后，將滿腔熱忱與心血傾注于他平生第一次從事的辦學(xué)事業(yè)。他所做的第一件事就是聘請稱職的教師。如以杜亞泉為算學(xué)、物理教員，以薛閬仙為經(jīng)學(xué)、詞學(xué)教員等。這些教員，都是當時紹興“極一時之選”的人物。為提高學(xué)堂的教學(xué)質(zhì)量，蔡元培還不惜重金聘請外籍教員，如教日文的中川外雄等。
在教學(xué)方法上，他實行因材施教：根據(jù)學(xué)生國學(xué)程度的高低分為三齋，分別教授國學(xué)課程，第一齋蒙學(xué)齋，第二齋詞學(xué)齋，第三齋理學(xué)齋。同時學(xué)生又可按自己算學(xué)，外語程度，到不同級別去聽課，并不受原來所在齋的限制。
蔡元培所做的另一件有意義的工作是增設(shè)課程。在他掌校期間，中西學(xué)堂課程除講授中國文學(xué)經(jīng)書和歷史之外，還開設(shè)西洋學(xué)科，如物理、化學(xué)、動植物學(xué)等，使學(xué)生們接觸到了近代自然科學(xué)知識，激發(fā)了他們的科學(xué)興趣，改變了他們的思想觀念。新學(xué)科對這些學(xué)生的影響頗深，當時第一齋念書的蔣夢麟回憶到那是他第一次知道地球是圓的，而不是平的。在蔡元培的嚴格管理下，當時在中西學(xué)堂就讀的學(xué)生，不少在后來的文教界有所表現(xiàn)。如后來曾擔(dān)任北大校長的蔣夢麟和地質(zhì)學(xué)家王烈便是那時候第一齋小學(xué)生，后曾任中央研究院秘書的馬禩光和任浙江省教育廳科員的沈光烈，則是第三齋的高材生。其他較有名氣的還有許壽裳，壽昌田，李雪身，蔣夢蘭，蔣夢桃。
從紹郡中西學(xué)堂，到上海南洋公學(xué)（上海交通大學(xué)前身），再到北京大學(xué)，他培養(yǎng)了一大批愛國學(xué)生。他的教育之路，正如《論語》所言:“士不可以不弘毅，任重而道遠。
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